Selama dua tahun pada 1998-2000, ia ditunjuk sebagai Sekretaris Jenderal PAN pertama.
Namun, pada Januari 2001, keponakan Adam Malik memutuskan mundur dari PAN.
Meski demikian, Faisal Basri kiprahnya di politik tetap aktif dengan mendirikan organisasi Pergerakan Indonesia.
Faisal Basri di karier politiknya pernah menjadi Ketua Umum Dewan Pimpinan Nasional sejak Kongres 1 tahun periode 2004-2010.
Dua tahun kemudian Faisal Basri maju sebagai calon guberjur melalui jalur independen pada Pemilihan Kepala Daerah (Pilkada) DKI Jakarta 2012.
Namun, pada Pilkada Jakarta 2012, Faisal Basri kalah dengan pasangan lain, yakni Joko Widodo (Jokowi), Fauzi Bowo, Hidayat Nur Wahid.
Demikian perjalanan karier Faisal Basri.
